La Dirección Nacional de Sanidad de las Fuerzas Armadas en la búsqueda por concretar una tan ansiada como antigua aspiración tendiente a contribuir y apoyar la función del Sistema de Salud Militar, gestionó oportunamente la creación de una Fundación y en ese sentido desde el 10 de mayo de 1999, la misma se encuentra habilitada llevando el nombre de “Doctor Francisco Fernández Enciso”, en reconocimiento a la memoria de quien fuera el primer Director General del Servicio de Sanidad Militar del Ejército y la Armada, designado por el Poder Ejecutivo el 24 de diciembre de 1918 . Esta Fundación está enmarcada en lo que determina la ley y los estatutos que rigen este tipo de sociedad, actuando en absoluta libertad como Institución Civil sin fines de lucro. Su acción apunta fundamentalmente al propósito de apoyar la función de la Dirección Nacional de Sanidad de las Fuerzas Armadas, colaborando en forma gratuita con sus fines asistenciales, cooperando con el suministro de bienes y servicios, en especial con recursos humanos, técnicos, financieros y económicos de cualquier índole, propios o provenientes de terceros. Para el cumplimiento de sus cometidos, la Fundación cuenta con un Consejo Directivo que ejerce su dirección y administración, estando conformado por siete miembros, mientras que la fiscalización de la gestión del Consejo Directivo es ejecutada por una Comisión Fiscal, compuesta por tres miembros.